网站服务器的文件被自动删除可能有以下原因：

一、人为因素

1. 误操作：管理员或用户在进行服务器管理、文件操作时可能不小心删除了文件。例如，在使用命令行或文件管理工具时，错误地执行了删除操作。

2. 权限设置不当：如果服务器的文件权限设置不合理，可能导致其他用户或进程能够删除文件。例如，将文件的权限设置为“777”（完全可读、可写、可执行），可能会被恶意用户或错误的脚本利用来删除文件。

二、软件问题

1. 病毒或恶意软件：服务器可能感染了病毒、木马或其他恶意软件，这些恶意程序可能会删除文件以破坏系统或窃取数据。

2. 软件漏洞：某些服务器软件可能存在漏洞，被攻击者利用后可能导致文件被删除。例如，Web 服务器软件的漏洞可能允许攻击者上传恶意脚本并执行删除文件的操作。

3. 自动更新或升级：一些软件在进行自动更新或升级时，可能会出现错误导致文件被删除。例如，更新过程中出现冲突或错误，导致部分文件被意外删除。

三、服务器配置问题

1. 定时任务或脚本错误：如果服务器上设置了定时任务或脚本，可能由于脚本中的错误逻辑导致文件被删除。例如，一个备份脚本在执行过程中出现错误，可能会删除原始文件而不是备份文件。

2. 存储配额限制：如果服务器设置了存储配额限制，当存储空间不足时，系统可能会自动删除一些文件以释放空间。这种情况通常会有相应的日志记录。

3. 数据清理策略：某些服务器可能会根据特定的数据清理策略自动删除旧的或无用的文件。例如，日志文件可能会在一定时间后被自动删除以节省空间。

四、硬件故障

1. 存储设备故障：硬盘故障、RAID 阵列损坏等硬件问题可能导致文件丢失或被损坏。虽然不一定是直接删除，但在某些情况下，文件系统可能会标记文件为不可用或丢失，看起来像是被删除了。

2. 电源故障或意外断电：如果服务器在运行过程中突然断电，可能会导致文件系统损坏，从而导致文件丢失或被删除。在这种情况下，可能需要进行文件系统修复或数据恢复操作。

五、网络攻击

1. 黑客攻击：攻击者可能通过各种手段入侵服务器，然后删除文件以破坏系统或窃取数据。例如，利用漏洞获取服务器的管理员权限，然后执行删除文件的命令。

2. DDoS 攻击：分布式拒绝服务攻击可能会导致服务器过载，从而引发一系列问题，包括文件被意外删除。虽然 DDoS 攻击本身通常不会直接删除文件，但它可能会导致服务器的不稳定，从而引发其他问题。

为了避免文件被自动删除，可以采取以下措施：

1. 定期备份重要文件，以便在文件丢失时能够恢复。

2. 加强服务器的安全防护，包括安装杀毒软件、防火墙，及时更新软件补丁等。

3. 仔细检查服务器的配置和定时任务，确保没有错误的脚本或任务会删除文件。

4. 合理设置文件权限，限制不必要的用户或进程对文件的访问和修改权限。

5. 监控服务器的日志，及时发现异常情况并采取相应的措施。